Untuk menunjang prestasi akademik santri, Pondok Pesantren Miftahul Ulum juga menyediakan kegiatan ekstrakurikuler dan beberapa organisasi yang dapat menumbuhkan jiwa kepemimpinan dalam berorganisasi, mampu mengaktualisasikan diri dan dapat mengembangkan potensi, bakat dan minat yang dimilikinya.